重癥肌無力的治療目標是緩解癥狀、改善生活質量并防止病情惡化。治療方法主要包括藥物治療、手術治療和輔助治療。

膽堿酯酶抑制劑：如溴吡斯的明等，是重癥肌無力對癥治療的主要藥物。免疫抑制劑：包括腎上腺皮質激素（如強的松、甲基強的松龍）和其他免疫抑制劑（如嘌呤、硫鳥嘌呤、環孢素A、環磷酰胺等）。

胸腺切除手術：重癥肌無力患者中有90%以上存在胸腺異常。胸腺切除是對重癥肌無力的有效治療手段之一，適用于在16-60歲發病的全身型無手術禁忌證的患者。大多數患者在胸腺切除后可獲得顯著的改善。但合并胸腺瘤的患者占10%-15%，是胸腺切除術的絕對禁忌證。

血漿置換：通過將患者血液中的乙酰膽堿受體抗體去除的方式，暫時緩解重癥肌無力患者的癥狀。但如果不輔助其他治療方法，療效不超過兩個月。靜脈注射丙種球蛋白：人類的丙種球蛋白中含有多種抗體，可以中和自身抗體調節免疫功能，其效果與血漿置換相當。